集团本部设15个本部职能部门：综合办公室、发展企划部、总工办（技术管理部）、财务部、党委工作部、人力资源部、生产管理部、营销管理部、供水调度部、物资设备部、工程管理部、安全保卫部、纪检监察审计部、政研法务部、工会（团委）。

     集团公司现有基层单位26个，其中水厂4个：平房净水厂、哈西净水厂、朱顺屯取水厂、新一工业制水厂；分公司9个：道里营业分公司、道外营业分公司、南岗营业分公司、香坊营业分公司、平房营业分公司、磨盘山长输管线分公司、管网抢修维护分公司、二次供水分公司、电气抢修分公司；独立法人单位7个：哈尔滨供水工程公司、市政建设公司、供水实业公司、盛龙水表厂、恒水公司、益龙物业公司、给水设计院，直属单位6个：信息中心、计量中心、客服中心、水质中心、教育培训中心、稽查大队。